Хотя приведение к кратности 6 кажется решает проблему и ситуации когда снизу на пару пикселей меньше чем сверху этого блока не очень заметны, пожалуй оставлю такой вариант, спасибо.
Проблема с округлением состоит в том, что для разных размеров 3*3, 2*2, 1*1 это самое округление может быть разным и возникнет ситуация как на нижней картинке. то есть ширина 1*1 + 1*1 != 2*2. Или я чего-то не понял из вашего сообщения? Каким образом определить ширину ровным пикселем, если средний квадрат будет к примеру 25 пикселей, тогда нижние 2 никогда не встанут ровно, тоже самое и для большого и среднего. Самый простой вариант, который я вижу это приводить сначала самый большой квадрат к ближайшему кратному 6, но тогда по высоте этот блок будет не всегда заполняться красиво.
Собственно выяснил, что перестала работать строка
if ($request_uri ~* "/wp-admin/|/xmlrpc.php|wp-.*.php|sitemap(_index)?.xml|/shop/|/my/|")
{
set $skip_cache 1;
}