Чтобы программа могла запуститься в качестве службы, она должна сделать несколько хитрых вызовов к API, чего обычный софт обычно не делает. Так что используйте банальную автозагрузку и не изобретайте велосипедов.
Я бы вообще отказался от апачей и поставил обычный nginx + демон fastcgi для языка, на котором динамическое содержимое. nginx всё-таки проверенное временем, весьма шустрое и функциональное решение, единственное, под него надо уметь писать конфиги.
