javascript вообще великолепно работает во всех браузерах.
ВО ВСЕХ.
Это вам не css и не верстка где возможны любые глюки.
В ИЕ есть только два «популярных» момента — eventы и ajax — обе решаются один раз и на всегда в 10 строчек. Ну и операции со строками и сорты разные. Которые просто, при неакуратном обращении, тормозят.
А вы когда-нибудь думали про javascript под… Хром?
Вот кто шаманит так это он — теряет порядок элементов и оверрайдит некоторые поля неких элементов.
Например name у класса( особенно этим страдает mootools, Потому что в name у него будет имя функции конструктора класса).