Ничего не потеряется, если правильно подготовить миграции. Мы переехали с Битрикс на Yii2 почти безболезненно. Да, для этого нужен толковый разработчик, который напишет скрипты-миграции для переноса/конвертации данных из одной структуры в другую.
Другой вариант: используйте ВАШУ бд от битрикса с любым фреймворком. Как правило, фреймворки не накладывают никаких своих требований на структуру БД.