Скорее да. Менеджер пакетов пишет, сколько места будет занято после обновления.
Прими привинтивные меры - сотри старые логи, удали хлам в директории с ISP manager (там бывает неудачные бэкапы застревают, да и логи у неё тоже свои есть), посмотри есть ли лишние не нужные файлы в директориях пользователей, сотри кеш пакетов и т.д.
braindev, советы верные. Фишка в последоаптельности обработки запроса. К примеру, если у виртуального хоста в listen указан явно IP адрес, то запрос будет передан на обработку именно ему.
Ты от этих панелей пострадаешь. Вместо того, чтобы решать возникшие проблемы, ты будешь придумывать, как это сделать с помощью панели, таким образом, решать придётся две проблемы.
Используй Ansible - это просто, удобно, эффективно.