Да. Fasttrack пускает трафик мимо фаирвола и трафик не попадает под IPsec.
В вашем случае необходимо изменить правило FastTrack так, что бы оно не затрагивало трафик который должен попадать под IPsec.
CPU загружен на 100% из-за того, что моного ресурсов тратится на шифрование. FastTrack эту проблему не решит. Вам нужна железка с поддержкой аппаратного шифрования.