Для начала, если Вы этого не делали, найдите какую-нибудь дисковую утилитку и посмотрите эти самые сектора. Всё ли соответствует Вашим ожиданиям, Вашим знаниям о FAT32. Это чтобы не получилось, что Вы что-то считаете неправильным, а на самом деле оно так и должно быть.
А дальше не торопясь отлаживаться. Чудес не бывает. Если функция раз от разу возвращает разный результат, то либо её вызывают с различными параметрами, либо ошибка в коде функции, либо и то и другое. Всё должен показать отладчик.