Вам это может показаться дико, но в мире node.js не очень приняты opinionated-решения, и вы можете выбрать сами.
Собственно мест-то два всего: контроллеры и модели (если не считать новомодного подхода микросервисов). Можно как-то поделить между ними, сообразуясь со здравым смыслом и принципом единственной ответственности.
Если вы такой крутой, что Grunt вас не устраивает, а LESS для вас недостаточно хорош, то вы, несомненно, найдете способ сделать все, как надо, с помощью express.js и вашего любимого ORM.