>У нас есть сайт, работает он на веб сервере апач на выделенном физическом сервере на ubuntu.
вопрос задан очень размыто и неконкретно.
позволяет ли код сайта параллелизацию нагрузки за счёт добавления ядер? где основные затыки производительности? в io, cpu, RAM? mysql, webserver?
плюс VPS что всегда можно добавить ресурсов, проапгрейдить сервер - добавить ядер cpu, ОЗУ.
плюсы физ. серверов, что ресурсы полностью ваши. проапгрейдить тут выйдет уже дороже.
поэтому нужно ставить задачу конкретнее.