Just A Bit

В nginx нет mod_security, ну и nginx не обрабатывает .htaccess вовсе. Так что если разговор только о нём, то проблема где-то ещё.

Если apache за nginx есть, то apache2ctl -M(или apachectl, смотря какой у вас дистрибутив), покажет какие модули у вас подключены.

И если mod_security есть, но не выключается через .htaccess, то может быть у вас просто не включена обработка(AllowOverride).

redmine