Екатерина

Комментариии в файле .gitignore начинаются с символа решетки # в начале строки.
Тут нам помогает подсветка синтаксиса и правильные комментарии выглядят затемненными.
Вы же испортили правило дописав посторонние символы в конец и поэтому оно у вас не работает.

Если сторонняя библиотека крашит python процесс то вам просто надо запускать
еще один процесс-камикадзе (excel-kamikadze.py), который даже если падает - не оказывает влияние на основной.
Эта техника используется часто в акторах Erlang/OTP.

Как получить данные назад из excel-kamikadze.py. Тут - много вариантов. Можно создавать временный
файл (XML/JSON куда передавать нужные результаты парсинга). Можно выдать их в поток STDOUT.

import subprocess

result = subprocess.run(["/usr/bin/python3", "kamikadze.py"], stdout=subprocess.PIPE) 
output = result.stdout.decode("utf-8")

https://stackoverflow.com/a/24320398/1016033

В консоли
Глобально для всех репозиторием
git config --global gui.encoding utf-8
или только для текущего
git config gui.encoding utf-8

Или из меню
Edit -> Options... -> Default File Contents Encoding -> Change
и выбрать "Unicode (UTF-8)"