Илья

У Вас в этом куске кода шаблона

<link rel="stylesheet" href="bitrix/templates/eshop_bootstrap_yellow/tab.css" type="text/css" media="screen" />
<link rel="stylesheet" href="bitrix/templates/eshop_bootstrap_yellow/css/style.css" type="text/css" media="screen" />
<link rel="stylesheet" href="bitrix/templates/eshop_bootstrap_yellow/accordionmenu.css" type="text/css" media="screen" />

указаны относительные пути.
Замените "bitrix/templates/eshop_bootstrap_yellow" на SITE_TEMPLATE_PATH.

Если обертку создать нет возможности, решайте задачу "в лоб".
Сам шаблон окошка вынесите в BODY, чтобы окошко позиционировалось относительно страницы. Далее скриптами по определенному событию вычисляйте глобальные координаты активного INPUT и прописывайте соответствующие координаты своему окошку. Это не так сложно.

APELSINKA_GIRL, а Вам могу сказать только одно: при работе в команде должны учитываться интересы всех (подчеркиваю) участников. Включая Вас. Только тогда работа может выйти на качественно новый уровень.
Это я к тому, что разбивание верстки на компоненты (те самые папки) -- это работа интегратора (т.е. программиста). Верстальщик не должен этим заниматься. И не должен углубляться в познания архитектуры БУС.
Разбиение на папки оправдано только при создании тиражных решений. Во всех остальных случаях (т.е. 90%) -- все стили можно хранить в сжатом виде в одном CSS-файле. То же самое с JS. Никаких проблем с этим нет.
Так что отстаивайте свою позицию верстальщика. И донесите до этой "команды", что Ваш комфорт пойдет на пользу общему делу.