Деактивация если нет в файле выгрузке при интеграции с 1с в init.php делал кто то?

Михаил Ливач, нет идея не в этом
Это как раз после обмена деактивировать все товары которые были обновлены/добавлены ранее чем начало обмена. Подход взят прямо из компонента обмена с БУС

mills вешать на событие на окончание импорта OnSuccessCatalogImport1C - предварительно проверьте - вызывается ли оно при обмене с вашей конфигурацией.
На последних модулях обмена оно не отрабатывает - о чем есть тикет в ТП битрикса
А вот определить полный обмен или нет - это уже задача посложнее... тк в файлах разницы нет никакой

mills все-таки уточните если модули обмена последних версий то настройка на деактивацию идет из 1с