За пример для подражания я бы взял
https://disqus.com (там прямо на главной есть страницы, на которых комменты дискаса внизу).
Смотрите как что сделано у них.
По поводу большой вложенности - у всех нормальных систем комментариев есть определенный лимит на вложенность, у дискаса лимит вроде как равен 4, после чего комментарии этой ветки начинают идти ровно один под другим.
