Я думал, что в 3-м варианте {} сильно замедляют по сравнению с конкатенцией во 2-м.
Между beginTransaction() и commit()?
$files = array_map('basename', glob($imagesFolder . "*.webp"));
дальше перед удалением просто вывел бы
$filesInDatabase и $files
print_r или var_dump
и проверил есть ли вообще схождения
глазами так сказать глянул.
Это, конечно, идиотский способ подключения, но добавление или убирание собаки на нем вообще никак не скажется
Плюс у автора проблема вообще не с БД