Все равно не достаточно информации, что у вас там в json и как вы используете данные.
Вот некоторые советы:
1) Прочитайте про партицирование, возможно вашу колонку ownerID можно вообще выкинуть, и разбить все данные на таблицы owner1, owner2..., таким образом можно сэкономить на индексах и данных, + можно будет проще размазать базу по серверам (шардинг), да и работать так будет быстрее.
2) Делайте архивирование json, это может уменьшить объем данных в 2..10 раз.
3) Складывайте старые данные в архив, например месяц прошел, делайте результирующие отчеты, кеши и т.п. что может запросить клиент, а сами данные отправляйте в архив.
4) Попробуйте другую бд: с postrgresql - можно использовать сжатый json по которому можно сделать индексы, таким образом ваши varchar'ы оптимизируются. с nosql/mongodb тоже есть плюсы, например 1 "запись" будет занимать 1 блок памяти, а не несколько как в sql базах, + тут выше скорость записи.
Так же по принципу партицирования можно делать чанки данных, например если вам данные нужно выбирать по дням и владельцу, то по окончанию дня можете паковать данные в чанки: data, ownerID, archived_json. таким образом размер индексов может уменьшится в 100 раз, данные в 10..20 раз, + скорость получения данных может вырасти до 50х раз (был у меня подобный проект).
Этими советами можно 1Тб "превратить" (например) в 10Гб - зависит от данных и использования.
