Если за nginx стоит апач, то гуглить в сторону apache2-mpm-itk, если php-fpm, то запускать его от имени нужного юзера (server в данном случае). Соответсвенно, если нужны будут изолированные сайты, то апач\нгинкс запускается от уникального юзера для каждого сайта. И с фтп проблем не будет.
