Влад Животнев

comm -23 file1 file2 , если раздумаете на перле писать.

У вас не плагин к FTP плохо работает, а ftp-сервер хреново работает (или сеть у вас дома).
Плагин там тупой как три копейки, ему тормозить негде.

Sed поучите или perl. По крайней мере не приобретете бесполезных знаний, которые будут не нужны после решения конкретно этой задачи.