injectine

Для app-answer используй

display: flex;
flex-wrap: wrap;

Простой пример на codepen

Потому что return false не блокирует ввод символов. Нужно использовать event.preventDefault()

<input onkeypress="checkChar(event)">

var aminos = ['T', 'U', 'C', 'A', 'G'];
function checkChar(event) {
    if (aminos.indexOf(String.fromCharCode(event.keyCode)) == -1) {
        event.preventDefault();
    }
}

А вообще на HTML5 это можно реализовать без JS:
<input type="text" pattern="TUCAG">

Отдельно буквы в input красить нельзя, насколько я знаю. Скорее всего вашим решением будет создать div с атрибутом contenteditable="true".

Ограничение на необходимые символы:
- Создать массив с необходимыми буквами и проверять на совпадение, например, через indexOf после события keyup, keydown или keypress на div'е.
- Либо после ввода проверять регулярным выражением

После проверки оборачиваете букву в span class="red", например, которому прописан цвет текста