Скорее всего, проблема в приоритете правил в конфиге.
'<controller:\w+>/<action:\w+>/*'=>'<controller>/<action>',
расположено перед
'shop/view/<id:[\d]+>' =>'site/view',
и поэтому при формировании ссылки применяется именно оно.
То есть,
'urlManager' => [
'enablePrettyUrl' => true,
'showScriptName' => false,
'class'=>'frontend\components\LangUrlManager',
'rules'=>[
'/' => 'site/index',
'shop/view/<id:[\d]+>' =>'site/view',
'shop/category/<category_url:[\w_-]+>/<id:[\d]+>'=>'site/view',
'shop/category/<category_url:[\w_-]+>'=>'site/category',
'<controller:\w+>/<action:\w+>'=>'<controller>/<action>',
]
],