Проблема оказалась до идиотизма простой. Взял для тестов самый дешёвый хостинг, а он без поддержки php, вот ничего и не выполнялось

В общем, применив метод прогрессивного гугления, я понял, что здесь запятая используется как оператор.
Оператор запятая выполняет каждый из его операндов (слева направо) и возвращает значение последнего операнда. (подробнее по ссылке)
Т.е. по идее, я могу записать это так:

var self = this;
self.callback = $(".class");
_.each(self.callback.find("item"), function (e) {
    //some code
  });
self.callback.find(".class2").before('<div class="class3""></div>')

Но лучше так вообще не делать.