Я не заметил особой разницы между оригинальной мегой и китайской (разве что в качестве пайки). Вообще все зависит от задач, которые будет выполнять контроллер. Лично я тащусь от beagleboard и пишу на node через онлайн ide. Но стоимость этой железки на несколько порядков выше, чем ардуино.
Оффтоп: У меня много arduino-совместимого железа, которое я так и не задействовал, с радостью избавлюсь от него недорого.
