по сути своей, миграция - это любой sql запрос(ы), и sequelize лишь гарантирует, что эти запросы в рамках одного скрипта миграции будут выполнены в транзакции, то есть либо все, либо ничего, и что одна миграция два раза не будет выполняться
Поэтому можете просто написать свой `update table .. set .. where ..` написать и не волноваться. или insert/delete запросы, не имеет значения. То есть, не только alter|create|drop запросы можете исполнять.

Так как Вы только только начали создавать сервер, то лучше будет перейти на Express, где вся статика отдается одной строкой
app.use(express.static('public'));
где в папе public хранятся все файлы на выдачу - index.html, javascript, css-ы.

Ссылка

Полный код:

var express = require('express');
var app = express();
app.use(express.static('public'));
app.listen(8000,  function() {
	console.log("Server started at " + 8000 + " port");	
});