по сути своей, миграция - это любой sql запрос(ы), и sequelize лишь гарантирует, что эти запросы в рамках одного скрипта миграции будут выполнены в транзакции, то есть либо все, либо ничего, и что одна миграция два раза не будет выполняться
Поэтому можете просто написать свой `update table .. set .. where ..` написать и не волноваться. или insert/delete запросы, не имеет значения. То есть, не только alter|create|drop запросы можете исполнять.