Когда я пытался найти ответ самостоятельно, я находил вот этот раздел в хелпе: www.jetbrains.com/phpstorm/webhelp/run-tool-window.html
Только у меня этот пункт меню (view-tool windows-run) всегда задизаблен. По ссылке правда об этом написано, мол The appearance of each tab depends on the type of the application being run and can include additional toolboxes and panes.
Но добиться его появления я так и не смог, и за все время работы в PHPStorm (несколько месяцев) ни разу его живьем не видел.
