Нашел. Нужно открыть "MediaTube.exe" в Notepad++. Найти в тексте "720-" и заменить на "360+".
В файле "720-" встречается 3 раза:
-Ln 45514, Col 6340 - указывает с каким качеством, по умолчанию, будет проигрываться видео
-Ln 45514, Col 7716 - не знаю что меняет (но тоже подправил на нужное мне качество)
-Ln 45523, Col 598 - переставляет галочку в меню "Video">"Preffered quality" (желательно поставить то-же что и в 2-х других местах, а то проигрывать будет в одном качестве, а в настройках показывать другое)