Здесь у вас по сути две независимые сборки, если я правильно понимаю замысел.
Это реализуется через multiple compilation, то есть массив конфигов:
var config = [{
entry: ..
output: ...
}, {
entry: ..
output: ...
}];
module.exports = config;
Как правило, берут один конфиг за базу, и по нему генерируют массив, например, меняя в нём выходные директории, переменные для DefinePlugin или что-то ещё.
Также для webpack-конфигов удобен такой merge:
https://github.com/survivejs/webpack-merge.