Используйте rsync c опцией --link-dest — первый бэкап копирует все файлы, следующий лишь новые и измененные.
Ссылка на статью указанная script88 должна вам помочь в написании собственного скрипта, главное — откажитесь от использования ssh — это сильно замедляет передачу, у rsync есть встроенные механизмы авторизации через файлы.