Какие книги/ресурсы есть по языку R?

Да, прошу прощения. Это залетело как-то из ответа выше.
Блог Мастицкого, правда, хорош. Хотя я не очень люблю русскоязычные тексты по программированию или статистике.
А swirl рекомендую от души. Это интерактивное обучение.

Основные отличия habraharb, geektimes и megamozg?

Здравая мысль. Нечто подобное есть на Stack Exchange, который вырос из Stack Overflow. Примерно тот же путь проделал проект. Только теперь это 150+ сайтов