Фласк — очень хороший фреймворк, удобный и понятный. Его главное достоинство и минус одновременно — Фласк накладывает гораздо меньше ограничений на разработчика по сравнению с Джанго, например. Поэтому продумывать структуру пакетов и файлов вам придется самостоятельно. Но это не так страшно, понимание приходит уже с первым проектом.
Крупные проекты на Фласке могут разбиваться на составные части — Блюпринты. Это аналог приложений в Джанго. Блюпринт может иметь свое адресный префикс, свои шаблоны, формы, модели. С помощью них можно постепенно наращивать функциональность проекта.
Правда, для Фласка меньше документации и готовых решений, но основные из них — SqlAlchemy для БД и WTForms для html-форм — работают очень хорошо, на порядок лучше Джанговских аналогов.