igi7

id_rsa это то, что вы НИКОГДА и НИКОМУ не должны давать!
Вам нужен id_rsa.pub - публичная часть.
Публичные ключи на сервере ложатся в /root/.ssh/authorized_keys для root, по одному публичному ключу на строку.

посмотрите домашний каталог пользователя git. Скорее всего /var/opt/gitlab это был он и после удаления gitlab папка тоже удалилась.