DKIM привязана к домену из поля From. Если почта, которая подписывается, отправляемая через почтовый клиент, расположена на этом же сервере, значит дело в том, что письма, отправляемые через mail(), имеют поле From не на том же домене.
По моему опыту, nginx не проверяет валидность сертификата apache. То есть не обязательно ставить именно «те же» сертификаты, а достаточно самоподписанных.
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.