idddddy

Скорее всего дело в сессии. Попробуйте вставить вызов session_write_close() непосредственно перед выводом файла:

header('Pragma: private');
header('Expires: Mon, 26 Jul 1997 05:00:00 GMT');
header('Content-Length: ' .filesize($file));
session_write_close(); // <--- вот здесь         
readfile($file);
exit();

https://www.php.net/manual/ru/function.array-column.php

Сильно не вникал, но... не пробовал вынести rewrite выше уровнем в server? Сейчас у тебя какая-то логическая петля получается - запрос попадает в location, там ему есть алиас, а потом приходит реврайт и все портит. Ну и еще непонятен немного смысл данного реврайта. Берем урл /hls/ololo/trololo и переписываем его в /hls/ololo/trololo ? Он вообще нужен?