Несколько причин из-за которых может это быть:
1. Артборд имеет дробные значения или координаты.
2. Проблемы с позиционированием есть у масок (Clipping Mask), если внутри маски есть объекты с дробными значениями.
ПС: В СС2014 был баг с шейпами, при масштабировании руками шейпы переставали правильно липнуть к сетки или чему либо другому, появлялись дробные значения, как временное решение адобы предлагали конвертить шейпы в объекты (Object -> Shape -> Expand Shape). В СС2015 пофиксили.