Прежде всего, стоит иметь в виду, что datatable - это плагин к jQuery. Поэтому его скрипт нужно подключать ПОСЛЕ самого jQuery.
Кроме того, возможно, jQuery Вам и вовсе подключать не надо, если он уже итак присутствует (без Вашего подключения).
И Вы не указали версию Joomla. Непонятно, нет ли там конфликта с Mootools. Да и вообще непонятно, нет ли других конфликтов JS, не указали ссылку на проблемную страницу. Остаётся гадать )

Будет.
Потому что с точки зрения поисковиков, это другой сайт (в некотором роде).
А вот насколько глубокой и длительной окажется просадка - будет зависеть от исполнителя переноса.
Если всё сделать грамотно (редиректы настроить, внутренние ссылки проверить, и sitemap, и robots.txt, и в кабинетах вебмастера сообщить поисковикам о переезде), тогда отрицательные последствия будут минимальны.
Но переезжать однозначно надо.

Сталкивался с похожей ситуацией.
Речь идёт о просмотре общей категории (Шкафы купе), да?

Есть там глюк с определением памяти, выделенной для PHP.
В последних версиях исправлено. Но может, у Вас не последняя.
Если разбираетесь в PHP обратите внимание на это:
forum.virtuemart.net/index.php?topic=136025.msg517...
Если не разбираетесь, позаботьтесь либо об обновлении VM в целом, либо об обновлении данного участка кода.
Позаботьтесь - имею в виду, привлеките того, кто хорошо разбирается.