Проблема скорее всего в macOS Sierra.
У меня хоть и конца 13-го будет Macbook Pro, но проблема до ужаса знакома. Появилась после обновления до macOS Sierra.
Зависания в системе появлялись после того, как систему жестко загружаешь. Мой пример: две IDE + минимум 20 вкладок в Safari + что-то еще мелкое. При таком раскладе Safari жрал 5 гигов ОЗУ (это писец, товарищи).
Решил проблему так:
Прогнал систему по всем пунктам в Clean My Mac 3. Теперь система снова научилась нормально очищать и контролировать ОЗУ.
Притом macOS Sierra явно использует диск не как обычные системы. У меня в одну минуту свободно 170 Gb, а в следующую уже 160 Gb. А потом хоть 180 Gb. То есть что-то жестко кэшируется на SSD. Поэтому стоит и этот фактор учесть.