tags = new Set();
$('#tags').on('chip.add', function(e, chip){
tags.add(chip.tag);
});
$('#tags').on('chip.delete', function(e, chip){
tags.delete(chip.tag);
});
let arr = [];
tags.forEach((value) => {
arr.push(value);
});
Храните и оперируете в реляционной БД, а потом выгружаете в Mongo. Имхо оптимальный вариант.