hint000

Действительно ли проблема в перегреве или просто сбились какие-то настройки питания

Скорее второе. Потому что до сих пор в принципе нигде не встречалось такого поведения, чтобы при перегреве уходило в сон. Сначала должен быть троттлинг при перегреве и в 99.9% случаев этого бывает достаточно. Но при критическом перегреве процессор должен немедленно отключиться, он просто не стал бы тратить какую-то долю секунды на переход в сон, а сразу - шмяк. И при последующем включении была бы чистая загрузка, а не выход из сна.
Короче, у вас - не перегрев, а что-то другое.

Аналоговый реобас (с физическими "крутилками"-потенциометрами, а не с кнопками). https://www.google.com/search?q=реобас+аналоговый&...
Либо вообще три отдельных регулятора типа таких (но это не очень удобно): https://www.google.com/search?q=zalman+fan+mate&tb...

Upd. если вообще не хотите включать их на большой скорости, то можно и древний народный метод применить:
взять с Molex'а красный провод (+5 V) и подключить вместо "массы" на чёрный провод вентилятора. Получаем на вентиляторе питание 7 V вместо 12 V (12-5=7) - это близко к минимальным оборотам вентилятора, т.к. при напряжении ниже 6 V многие вентиляторы уже не могут стартовать, а при 7 V практически все стартуют, если подшипники в порядке. Цена такого решения близка к нулю, несколько проводков найдётся в любом доме, главное делать аккуратно и ничего не перепутать.

К коментариям в соседнем ответе :)
Eruol, да это не шутки, tukreb просто неправильно понял, с какой стороны 2 пина, а с какой 4.
Теоретически то, что он написал в ответе могло бы иметь место, если бы наоборот на карте было 4 пина, а на вентиляторе 2. Хотя я не слышал о подобных проблемах в реальной жизни. Но мало ли.
В любом случае, сказанное не относится к вашему случаю. Когда на карте 2 пина, то карта и не пытается определять скорость вращения - измерительного пина нет на самой карте. Насчёт шума на максимальных оборотах тоже неверно. При двух пинах, если карта в принципе захочет регулировать скорость вращения вентилятора, она будет регулировать тупо напряжением питания.

Можно.
Оно в любом случае параллельно подключается, даже если без переходника.
Просто запараллеливается на плате БП или на материнской плате. Разница не существенна для такой маленькой нагрузки, как вентилятор.