В почтовый шаблон данные попадают из метода CEvent::Send или CEvent::SendImmediate. Например:
$arMailData = array(
"NAME" => $arFields["NAME"],
"LOGIN" => $arFields["LOGIN"],
"PASSWORD" => $arFields["PASSWORD"]
);
CEvent::Send("NEW_PARTNER", "s1", $arMailData, "Y", false, false, "ru");
Третий аргумент - набор данных, соответственно #NAME#, #LOGIN# и #PASSWORD# будут доступны в шаблоне письма по событию "NEW_PARTNER".
Если вам нужно узнать, как формируется набор данных для письма - надо найти вызов CEvent::Send для соответствующего почтового события. Методы отправки обычно вызываются внутри компонентов или в классах модуля.