Я, конечно, в ноде разрабатывал совсем немного, но такая проблема, как доступ к исходному коду для меня весьма странна. Вы используете какой-то нод'овский встроенный сервер для разработки?
Попробуйте nginx/apache.
Обычно, файлы, к которым можно достучаться из браузера напрямую, вы будете хранить в отдельной папочке "public".
Антон, а еще можно использовать дата-атрибуты (например, data-comment-id) на блоках с комментариями с ID каждого комментария.
При вызове AJAX дополнительно отсылать на сервер все ID, которые сейчас на странице (получить ближайший блок <div class="comments">, и всех его подблоков, выдирая с каждого data-comment-id).
На сервере проверить, каких комментариев не хватает, отправить данные о новых комментариях, и в ajax.success() уже вывести новые комментарии.
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.