Настройки модуля Db для codeception не будут использоваться системой, которую ты тестируешь. Они нужны для того, чтобы залить дамп в пустую бд, чистить базу после каждого теста и удалять все после завершения тестов. В твоей системе должны быть свои механизмы выбора настроек бд для процесса тестирования.
Самый тру вэй наверное написать модуль для codeception как это сделано для всех основных фреймворков, в т.ч. ларавеля
https://github.com/Codeception/Codeception/blob/2.... https://github.com/Codeception/Codeception/blob/2....
Ну и если используешь dot-env конфигурацию - будь осторожен. Codeception умеет подгружать настройки из всех .env файлов, лежащих рядом с codeception.yml в хаотичном порядке, и об этом очень вяло написано в доках, так что даже .env.example в корне может ломать твои тесты)