Подключи библу как уже было сказано, на сервере формируй токен который будешь помещать в бд и ссылку на твой контроллер в письмо впихни, при переходе на этот контр, отправляй значение в бд, при этом меняя значение с 0 на 1...
Если именно на пхп, только вебсокеты с ивентами, можно конечно сделать костыльно и на аяксах как при отправке, так и при приходе - все равно лучше выйти в вебсокеты. https://habr.com/ru/post/427589/
Вот тебе статья...
Ответ на вопрос очень прост, создайте в отдельном файле разные подключения к бд с разными переменными...
Подключите через реквайр и используйте при необходимости нужное подключение к бд.
Естественно не забывайте о безопасности, как завещали великие умы социализма.
