Не совсем понятен вопрос. Необходимо, чтобы при вводе в терминал app запускался файл по пути /home/user/app? Если да, то достаточно в файл /home/user/.bashrc добавить следующее:
alias app='/home/user/app'
Скорее всего понадобится перезапуск терминала.
Также есть альтернативное решение. Если в домашних каталог планируется кидать много приложух, а не только одну, то в тот же .bashrc стоит добавить следующее:
export PATH=$PATH:/home/user
После этого все программы из домашнего каталога можно будет запускать по названию. Также скорее всего потребуется перезапуск терминала.