Python:

C помощью .split разделяем строку, и получаем необходимый номер.

array = ['https://www.facebook.com/profile.php?id=100003312311771', 'https://www.facebook.com/profile.php?id=100036605837335']

for x in array:
	res = x.split('php?id=')[1]
	print(res)
	with open('some.txt', 'a') as save:
		save.write(res + '\n')

Дали мало данных для ответа, хоть бы пример кода оставили...

Насколько я понял, ваш бот работает в однопоточном режиме, и если запускаете цикл - он перестает выполнять остальные функции.

В этом случае поможет либо асинхронность, либо создание отдельного потока. В первом случае это создание бота на aiogram (не знаю для телеграма пишите или нет), во втором случае библиотеки Thread или Asyncio.