Skype хранит сообщения в SQLite базе без опции "auto vacuum", поэтому записи помеченные к удалению не очищаются сразу, а хранятся какое-то время в области "freelist".
Если нужны срезы в которых есть ip-адреса клиентов, то можно использовать связку ipt_netflow + nfdump. При желании можно использовать NfSen, как веб-интерфейс к nfdump.