Геннадий

Вы пытаетесь в mysqli_fetch_assoc передать булево значение, о чем вам говорит ошибка: Warning: mysqli_fetch_assoc() expects parameter 1 to be mysqli_result, bool given in. А эта функция принимает параметр другого типа: https://www.php.net/manual/ru/function.mysql-fetch....

UPD: ошибка возникает потому-что вы используете mysqli_multi_query для регистрации пользователя, а потом отправляете запрос mysqli_query для авторизации. Вам нужно сначала прочитать результат из mysqli_multi_query через mysqli_next_result(), а потом делать запрос на авторизацию пользователя. А лучше для регистрации пользователя также использовать mysqli_query. Это происходит потому-что mysqli по-умолчанию использует не буферизованные запросы.

Можно использовать счетчик элементов ($count++) в цикле, и когда доходите до нужного числа, создавать новый файл или, например, можно использовать array_slice() и потом записывать срезок в файл.

Нет, нельзя. Для функции crypt() не существует алгоритма обратной расшифровки.
crypt — необратимое хеширование строки
https://www.php.net/manual/ru/function.crypt.php

У вас в цикле foreach ($employees as $key => $value) перебирается массив $employees. Условие if ($value > 15000) срабатывает для элементов employee_3, employee_6 и employee_7. Соответственно для остальных элементов срабатывает else (ведь у них ЗП меньше 15000). Код отрабатывает верно.

Дело в вашей IDE (редакторе кода). Он не понимает от куда берется эта переменная. Если всё работает, то ничего страшного.