Геннадий

Можно использовать счетчик элементов ($count++) в цикле, и когда доходите до нужного числа, создавать новый файл или, например, можно использовать array_slice() и потом записывать срезок в файл.

Нет, нельзя. Для функции crypt() не существует алгоритма обратной расшифровки.
crypt — необратимое хеширование строки
https://www.php.net/manual/ru/function.crypt.php

У вас в цикле foreach ($employees as $key => $value) перебирается массив $employees. Условие if ($value > 15000) срабатывает для элементов employee_3, employee_6 и employee_7. Соответственно для остальных элементов срабатывает else (ведь у них ЗП меньше 15000). Код отрабатывает верно.

Дело в вашей IDE (редакторе кода). Он не понимает от куда берется эта переменная. Если всё работает, то ничего страшного.