Antongard, ну, делайте не на весь файл, а на окно, кто вам мешает? Если не использовать оконную функцию, у вас внесется погрешность, но для начала можно и без нее.
оконный полосовой фильтр делает то же самое (свернуть с оконной функцией, разложить, вырезать, преобразовать обратно с учетом оконной функции), просто в нем математика оптимизирована.