Про rsync, так что остается посоветовать использовать ssd на полную и не париться. У вас гарантия на него 3 года? Или 5 лет? Если второй вариант (интел, да?), то за сохранность и бояться то слишком не стоит. Указали бы версию накопителя.
rsync, man rsync. Умеет нормально сохранять права и владельцев (вроде даже включая selinux), избегает транжирства на хард и софт-линках, частичные синхронизации.
