gaelpa

Мало информации.
Посмотрите логи php-fpm,
включите логи nginx, какие там ошибки,
посмотрите какие процессы находятся в состоянии D в выводе «ps axfu», какая вообще загрузка и какими процессами,
посмотрите, нет ли у вас стопки выполняющихся запросов в mysql (предположил по-умолчанию).

Навскидку, возможно это переполнение пула php-fpm вызванное заторами в скриптах (может тяжелые запросы к базам или даже ошибка базы).

Возможно проблема в umask рута (0022 по дефолту). Нюансы сейчас не помню (и никсы под рукой нет), но стоит погуглить как ACL взаимодействует с umask.
Попробуйте перед копированием ставить umask 0002 и сравнить результаты.

Почему вы считаете, что проблема именно в nginx?
У apache есть
httpd.apache.org/docs/2.0/mod/core.html#limitrequestbody
httpd.apache.org/docs/2.0/mod/core.html#limitxmlrequestbody
У пхп есть (если вы используете его, если нет, то см доки по своему бэкэнду)
ru2.php.net/manual/en/ini.core.php#ini.upload-max-filesize
ru2.php.net/manual/en/ini.core.php#ini.post-max-size

В конкретном случае с NASом выгоднее хранить исходники в tar/zip без сжатия.

rsync, man rsync. Умеет нормально сохранять права и владельцев (вроде даже включая selinux), избегает транжирства на хард и софт-линках, частичные синхронизации.

Например, поднять простой NAT на iptables + DHCP сервер на гейт-машине.
На-вскидку, нашел habrahabr.ru/blogs/personal/91032/ такую инструкцию (дебиан, но разницы практически нет).

Вас беспокоит что мышка проваливается или что доступ к нижней кромке затруднен?
У меня CairoDock на нижнюю кромку реагирует, поэтому я просто выравниваю мониторы по нижней грани, перемещая «мертвую зону» наверх.

Можно покопать в сторону Xvfb habrahabr.ru/blogs/sysadm/113928/