Курите мануалы по PE (Portable Executable)-заголовку, добавляете новую секцию данных в файл, profit.
Но как уже заметили, любой эвристик антивируса даст вам по рукам за такое. Хотя если вы заранее создадите там зарезервированную секцую в 1Мб или сколько вам там нужно и будете просто заполнять их данными, возможно прокатит.
